국토교통부장관은 기금에 여유자금이 있을 때에는 대통령령이 정하는 방법으로 운용할 수 있다.
「주택도시기금법」 시행령 제17조(기금 여유자금의 운용방법)국토교통부장관은 기금에 여유자금이 있는 경우에는 법 제9조 제4항에 따라 다음 각 호의 방법으로 운용할 수 있다.
정책총괄을 수행하는 국토교통부 장관으로부터 위탁받아 주택도시보증공사가 자금총괄 및 사업성분석을 진행하며, 간사수탁은행과 일반수탁은행에 재위탁합니다. 수탁은행은 기존 융자 및 조성에 대한 상담과 창구를 운영하며, 사업자대출은 간사수탁은행에서만 취급합니다.